Ένταση για το θέμα της άδειας του Δημήτρη Κουφοντίνα σημειώθηκε στη Βουλή, κατά τη διάρκεια συζήτησης για το ΕΣΥ.
Αναφερόμενος στο θέμα της άδειας Κουφοντίνα, μετά από αναφορές που έκανε ο αρχηγός της ΝΔ, Κυριάκος Μητσοτάκης, ο υπουργός Δικαιοσύνης Σταύρος Κοντονής, υποστήριξε ότι ο νόμος για τις αποφυλακίσεις θεσμοθετήθηκε επί Νέας Δημοκρατίας.
«Στοιχείο του κράτους δικαίου είναι η εφαρμογή των νόμων έναντι όλων. Αν ο νόμος είναι κακός, ακούμε απόψεις. Αλλά η τροποποίηση του 2009 ήταν δικιά σας, του κ. Δένδια. Αν δεν τον θέλατε, ας τον αλλάζατε», ανέφερε ο υπουργός Δικαιοσύνης Σταύρος Κοντονής απαντώντας στον πρόεδρο της ΝΔ για τη 48ωρη άδεια, που χορηγήθηκε στον Δημήτρη Κουφοντίνα.
«Δεν αποφυλακίζεται ο Κουφοντίνας, δεν επανακρίνονται οι πράξεις του. Η χορήγηση αδείας δεν είναι επιδοκιμασία των πράξεων ούτε και ανοχή για οτιδήποτε. Δεν πήρε η κυβέρνηση την απόφαση για την άδεια. Να ζητάτε εξηγήσεις από την κυβέρνηση για ένα όργανο που εσείς νομοθετήσατε, αυτό ξεπερνάει τα όρια», σημείωσε ο υπουργός Δικαιοσύνης και πρόσθεσε ότι ο κρατούμενος δεν κρίνεται για τις απόψεις του. 
Η ομιλία του κ. Κοντονή πυροδότησε την έντονη αντίδραση της κυρίας Μπακογιάννη για να της απαντήσει ο κ. Κοντονής: «Εσείς να ντρέπεστε».
«Τι τερατολογίες λέτε; Εμείς κάναμε τροποποίηση; Δεν ξέρετε το νόμο και πετάγεστε» της είπε.
«Παρά το γεγονός ότι η κυβέρνηση δέχτηκε διαμαρτυρίες, δεν προχωρήσαμε σε καμία αλλαγή» είπε επίσης ο κ. Κοντονής αναφερόμενος στο νόμο.
Απαντώντας επί προσωπικού, η κυρία Μπακογιάννη πήρε το λόγο και είπε: «Κύριε Κοντονή καταλήξατε θλιβερός απολογητής του Κουφοντίνα. Η παρουσία σας εδώ προβλημάτισε πολύ. Το να παριστάνετε πως δεν ξέρετε δεν το δικαιούστε», είπε η κυρία Μπακογιάννη και διερωτήθηκε «τι άλλαξε από τότε που ο Κουφοντίνας ζητούσε άδειες  με το ίδιο νομοθετικό πλαίσιο και δεν του δινόντουσαν. Δεν ήταν ο ίδιος Κουφοντίνας; Δεν ήταν ο ίδιος νόμος; Δεν είχε βγάλει το βιβλίο που έλεγε πως το βράδυ που δολοφόνησε τον Μπακογιάννη πισώπλατα, είχε πάει σε ταβέρνα και έπινε και γλεντούσε;», συνέχισε η Ντόρα Μπακογιάννη.
«Όταν το θέμα αφορά άλλους, είμαστε έτοιμοι να βγάλουμε μεγάλους λόγους», είπε η κ. Μπακογιάννη και προσέθεσε ότι «αυτό που με στενοχωρεί είναι η επιλεκτική σας ευαισθησία».
«Όταν βγήκε η απόφαση για την Ηριάννα, βγήκατε να τη στηλιτεύσετε. Να βγαίνατε και σήμερα να λέγατε: Λυπούμαστε, δεν συμφωνούμε», είπε η κυρία Μπακογιάννη.
Μάλιστα, η βουλευτής της ΝΔ κατηγόρησε τον κ. Κοντονή ότι δεν έχει τα κότσια να καταδικάσει την απόφαση του δικαστικού συμβουλίου: «Όταν είναι να καταδικάσετε έναν δολοφόνο που σκότωσε 11 ανθρώπους, κρύβεστε»,
Σε άλλο σημείο του είπε «Ηρεμήστε, η Ζάκυνθος συνήθως έβγαζε πολιτισμένους ανθρώπους, τι άλλαξε;»
Το λόγο πήρε και πάλι ο Σταύρος Κοντονής, λέγοντας «Λυπάμαι για την τοποθέτηση της συναδέλφου, δεν στέρξαμε συμπαραστάτες σε τέτοιες καταστάσεις. Καταδικάσαμε τις ενέργειες και τα ειδεχθή εγκλήματα. Λέτε ανακρίβειες και ψέμματα. Σας τα επιστρέφουμε όλα».
Δριμεία επίθεση για την άδεια στον Δημήτρη Κουφοντίνα εξαπελυσε με έκτακτη ομιλία του στην Ολομέλεια της Βουλής ο Κυριάκος Μητσοτάκης. «Δεν μιλώ ως αρχηγός της αξιωματικής αντιπολίτευσης, ούτε ως συγγενής θύματος της τρομοκρατίας. Μιλώ ως σοκαρισμένος πολίτης που παρακολουθεί σήμερα τον μεγαλύτερο τρομοκρατη της χώρας, έναν αμετανόητο δολοφόνο, το πιστόλι της 17Ν να βγαίνει από τη φυλακή», τόνισε ο κ. Μητσοτάκης.
Ο πρόεδρος της ΝΔ, σε μια φορτισμένη ομιλία, είπε ότι ο Δημήτρης Κουφοντίνας συνεχίζει να τραυματίζει τη χώρα με τον γεμάτο μίσος λόγο του και διερωτήθηκε αν δικαιούται άδειας ο Κουφοντίνας, αποφαινόμενος ότι δεν συντρέχουν ουσιαστικές προϋποθέσεις για τη χορήγηση άδειας στον Κουφοντίνα, μιας και απουσιάζουν οι παράμετροι της μεταμέλειας, της συμμόρφωσης και της διάθεσης ομαλής κοινωνικής ένταξης.
«Δεν μεταμελεί για τίποτα, λειτουργεί ως ο ουσιαστικός ιδεολογικός καθοδηγητής μιας νέας γενιάς τρομοκρατών. Καλεί νέους ανθρώπους να ακολουθήσουν το δρόμο του, να γίνουν δηλαδή δολοφόνοι», είπε ο πρόεδρος της ΝΔ, ζητώντας από τη ΝΔ να τοποθετηθεί ρητά επί της απόφασης του δικαστικού συμβουλίου, μιας και δεν πρόκειται για απόφαση της δικαιοσύνης, αλλά για απόφαση διοικητικού χαρακτήρα.
Μάλιστα, ο πρόεδρος της ΝΔ τόνισε ότι η απόφαση λαμβάνεται στη χειρότερη δυνατή συγκυρία, την ώρα που η οργανωμένη βία και ανομία είναι σε έξαρση. «Κάποιοι προσπαθούν να απαξιώσουν αυτή την πραγματικότητα, να την παρουσιάσουν ως μια εμμονή της ΝΔ, είναι όμως ένα υπαρκτός κίνδυνος», είπε ο κ. Μητσοτάκης και προσεθεσε ότι «ομάδες τραμπούκων με την ανοχή της κυβέρνησης απειλούν και κομπάζουν».
Ο πρόεδρος της ΝΔ μάλιστα επικαλέστηκε τους δημοσίους επαίνους του αρχηγού του Ρουβίκωνα στον Δημήτρη Κουφοντίνα, τον οποίο χαρακτηρισε ως τον μεγαλύτερο Έλληνα επαναστάτη. Ως πότε θα αγνοείτε το πρόβλημα και θα αγνοείτε τους συμβολισμούς; Επιμένετε να κάνετε πως δεν το ακούτε, κανείς δεν έπιασε απευθείας το πιστόλι. Ξεκινάς από τα μυαλά, περνάς στη μολότοφ και μετά στα καλασνικοφ και στα 45άρια», είπε ο πρόεδρος της ΝΔ. «Τι σόι κυβέρνηση είναι αυτή που ανέχεται τους Ρουβίκωνες να εγκωμιάζουν τη δράση του Κουφοντίνα;», διερωτήθηκε ο κ. Μητσοτάκης.